Hãng hàng không quốc gia của Indonesia (thành lập năm 1949), hãng đã nhận được một số lời chỉ trích trong những tháng xung quanh vụ tai nạn. Theo các chuyên gia hàng không Úc, Garuda có một trong những kỷ lục an toàn tồi tệ nhất trong số các hãng hàng không quốc gia trên thế giới. Kể từ năm 1950, Garuda đã có 13 vụ tai nạn lớn. Lần gần đây nhất vào ngày 16 tháng 1 năm 2002, khi chuyến bay 421 của hãng hạ cánh khẩn cấp xuống sông Bengawan Solo do ngọn lửa bốc cháy từ động cơ gây ra do trúng phải mưa đá quá nhiều, cuộc hạ cánh khẩn chỉ giết chết một tiếp viên hàng không. Tai nạn thảm khốc nhất (cũng là vụ tai nạn thảm khốc nhất trong lịch sử Indonesia) vào ngày 26 tháng 9 năm 1997, khi chuyến bay 152 của hãng đã rơi xuống một khu rừng, gần Medan, giết chết 234 người. Giám đốc điều hành của Trung tâm Hàng không Châu Á Thái Bình Dương, Peter Harbison, tuyên bố rằng các vụ tai nạn lớn trong lịch sử hàng không Indonesia đều do sự kết hợp của các tiêu chuẩn an toàn thấp của sân bay và đội máy bay, điều kiện thời tiết xấu trong khu vực, bao gồm cả giông bão và các hình thức khác của thời tiết khắc nghiệt.

Sau vụ tai nạn của chuyến bay 200, EU đã cấm Garuda và tất cả các hãng hàng không Indonesia bay vào EU. Lệnh cấm là một bước ngoặt đối với Garuda, dẫn đến những cải cách rộng rãi trong hãng hàng không nhằm cải thiện cả tiêu chuẩn an toàn và dịch vụ, và dẫn đến việc thực hiện chương trình Quantum Leap trong 5 năm, gần gấp đôi đội bay của hãng, giới thiệu máy bay mới chẳng hạn như Boeing 737-800 và Boeing 777-300ER, cũng kết nối nhiều điểm đến hơn, với hãng hàng không bắt đầu hoặc nối lại dịch vụ đến các điểm đến như Amsterdam và London. Lệnh cấm Garuda bay sang EU đã được dỡ bỏ 2 năm sau vụ tai nạn vào tháng 6 năm 2009 và hãng hàng không đã nối lại dịch vụ tới châu Âu ngay sau đó với việc khánh thành dịch vụ một tuyến từ Jakarta đến Amsterdam qua Dubai.